本发明涉及海工结构状态监测技术领域，具体涉及一种海工结构的等效冲刷深度预测方法及系统。方法包括：获取在海工结构水面以上的不同测点的振动加速度并提取海工结构的一阶频率以及在不同测点的一阶位移向量；基于海工结构泥面以下的不同固定约束位置分别建立用于将海工结构的桩土约束等效为基底的固定约束的等效约束有限元模型；分析得到等效约束有限元模型的一阶频率以及在全部测点的一阶振型向量，构成有限元模型数据库；将海工结构的一阶频率以及一阶位移向量分别与有限元模型数据库进行匹配，基于匹配结果计算得到等效冲刷深度的预测值。克服冲刷深度难以反映桩基结构真实约束变化的技术困难，同时提高等效冲刷深度预测的可靠性。