本发明属于电力系统可靠性评估与运行风险分析领域，提供了一种极端气象下两阶段电力系统运行风险评估方法及系统，首先以飓风为极端气象事件典型代表对气象强度进行建模，同时综合考虑了电力系统在极端气象下可能同时出现倒杆和线路断线的情况，结合杆塔和输电线路脆性曲线建立了系统故障概率模型并采用蒙特卡洛采样方式生成故障集。最后采用基于条件风险价值理论建立了电力系统风险评估模型，可划分为快照恢复能力评估及综合恢复能力评估两个阶段。本发明能够进行对极端气象下的电力系统进行风险评估，并检验电力系统的韧性表现，可以被实际应用。