本发明公开了基于多源数据的稻茬烤烟种植质量评价方法及系统，包括：获取稻茬烤烟种植区域的生长历程，读取不同生长阶段对应的环境特征、生长状况特征及种植操作特征，获取空间融合后的特征数据集，通过特征选择对特征参数进行筛选生成评价指标；构建稻茬烤烟种植质量评价模型获取种植质量评价结果；获取稻茬烤烟烟叶的感官数据进行烟叶质量评价，获取种植质量评价结果与烟叶质量评价结果的相关性，根据相关性修正评价指标并获取稻茬烤烟种植的种植优化方向。本发明通过利用深度学习方法对稻茬烤烟的种植质量进行评价，充分挖掘指标参数间的耦合关系，更好地拟合环境、种植行为等指标与种植质量的非线性关系，提高了评价精度与性能。