本发明提供一种农田土壤重金属的原位钝化修复方法，属于土壤重金属钝化领域。所述农田土壤重金属的原位钝化修复方法，由以下步骤组成：预混、一次发酵、二次发酵；所述预混是将猪粪、鸡粪、复合钝化剂、微生物菌剂与农田土壤混合均匀，调节混合物料的C/N比、含水率，获得预混物后，在有氧环境中，进行一次发酵、二次发酵。本发明的农田土壤重金属的原位钝化修复方法，能够实现钝化剂与堆肥发酵的有效配合，避免堆肥过程中发酵成分对钝化剂的不利影响，提高针对于不同土壤特性的适应能力，实现对不同特性土壤的稳定、高效处理，进一步改善对农田土壤重金属的原位钝化修复效果，并有效避免土壤重金属钝化后，再次释放污染土壤的情况发生。