本发明公开了一种金属合金表面磁性抗菌微结构及其制造方法，该磁性抗菌微结构为金属合金表面负载的抗菌性铜包覆磁性纳米三氧化二铁，且所述铜包覆磁性纳米三氧化二铁是通过包覆氧化铜的铁粉经高温原位反应形成的；其制造方法包括首先将氧化铜通过等离子喷涂工艺沉积到经酸化的铁粉表面，然后将其与金属合金粉末通过高能球磨工艺混合均匀；其次采用粉末烧结工艺将混合粉末烧结成形，借助超快激光对铜包覆三氧化二铁分散的金属合金的表面进行扫略，获得磁性抗菌微结构。该制造方法不仅可获得抗菌性铜强化的微结构，同时借助铜对激光的高反射作用，有效避免高能激光束对三氧化二铁磁性的弱化，进而实现了磁性抗菌微结构的制造，显著提升骨组织的定向诱导调控能力。