本发明提供了一种地下厂房边墙保护层的开挖方法，其包括如下步骤：步骤S1：将地下厂房岩锚梁层以下岩体划分为中部拉槽区和两侧边墙保护层区；步骤S2：进行拉槽区的开挖，拉槽区的临时边墙采用预裂爆破施工，拉槽区的主爆区采用深孔梯段爆破施工；步骤S3：待拉槽区开挖至20m～30m时开始进行边墙保护层区的跟进开挖，边墙保护层区采用浅孔钻设备先钻竖直孔再进行深孔光面爆破施工，出渣采用反铲装自卸汽车运输。本发明大大提高了地下厂房边墙保护层的施工效率，既保证了厂房围岩的稳定、成型质量，减少了对围岩的扰动和破坏，又缩短了地下厂房的施工工期。