本申请提供了基于原子级缺陷的结构超润滑系统及其制造方法。结构超润滑系统包括基底材料和滑块，基底材料上设置有原子级缺陷，滑块置于基底材料上且位于原子级缺陷所在的部位，原子级缺陷能够使滑块在基底材料上沿不同方向滑动时，滑块与基底材料之间的摩擦力大小不同，原子级缺陷包括基底材料上供滑块滑动的平面不连续的部位和/或材料取向不连续的部位。结构超润滑系统的制造方法包括提供基底材料，通过机械剥离、化学刻蚀、电子束刻蚀、原子力显微镜探针刻蚀、离子束轰击或电子束轰击的方法制造平面不连续的部位或通过化学气相沉积生长的方法制造取向不连续的部位，提供滑块，将滑块置于平面不连续的部位或材料取向不连续的部位。