本发明属于代谢物检测技术领域，公开了一种检测不同Pcc侵染阶段魔芋及根际土壤中代谢物的方法，取固体样本于离心管中，加入一颗的研磨珠；提取液含内标进行代谢产物提取；样本溶液于冷冻组织研磨仪研磨，后低温超声提取；将样品静置于‑20℃，30min，离心15min，移取上清液至带内插管的进样小瓶中上机分析；在一定色谱条件和质谱条件下对样品进行LC‑MS/MS分析；上机完成之后，LC‑MS原始数据导入代谢组学处理软件Progenesis QI进行处理，得到代谢物信息。浓度为25μg/ml的绿原酸、槲皮素、山奈酚均对Pcc生长表现出抑制效应，表明黄酮类物质是魔芋响应Pcc胁迫的重要抗性物质之一。