本发明公开了基于故障监测的直流微电网协调控制方法及系统，涉及电力系统技术领域，所述方法包括：通过电网传感器网络对目标直流微电网进行运行状态实时监测，得到电网拓扑结构运行信号流集合，再基于电网故障识别网络对所述电网拓扑结构运行信号流集合进行故障识别，输出电网故障特征信息与分布式能源使用优先级规则和微电网功率平衡规则进行调用匹配，获得微电网故障协调控制策略，以此进行全局寻优，输出目标电网故障控制参数方案对所述目标直流微电网进行运行协调控制。达到实现对直流微电网的故障自动化实时监测，提高故障控制策略适用性和控制精确性，确保电网协调控制及时性，进而提高电网控制效果和安全稳定运行的技术效果。