本发明公开了一种基于AGC联络线有功量测值突变的智能控制方法及系统，包括：当联络线任一有功量测值发生突变后，进入控制闭锁周期，暂时关闭AGC控制功能；若主用测点发生突变，则备用测点退出，AGC正常控制；若备用测点发生突变，且主用测点满足母线有功平衡，则将备用测点退出，AGC正常运行控制；若备用测点发生突变，且主用测点不满足母线有功平衡，则将主、备用测点都退出，暂停AGC；若备用测点没有发生突变，且主用测点满足母线有功平衡，则AGC正常运行控制，若备用测点没有发生有功量测值突变情况，且主用测点不满足母线有功平衡，则将主用测点退出，切换为备用测点，AGC正常运行控制。本发明可解决AGC拒动或误控带来的问题。