本发明属于肥料技术领域，涉及一种腐植酸螯合中微量元素的复合肥料的制备方法，包括：步骤一，将黄腐酸钾、硫酸亚铁、硫酸铜、硫酸锌、硫酸锰与水进行混合，反应，得到黄腐酸钾微量元素螯合态中间产物；步骤二，将硫酸钾镁肥、尿素、过磷酸钙与所述黄腐酸钾微量元素螯合态中间产物混合，反应，然后进行造粒、烘干、筛分，得到初级复合肥料；步骤三，对所述初级复合肥料进行外包衣处理，烘干后筛分即得。本发明将硫酸钾镁肥、尿素、过磷酸钙、黄腐酸钾、硫酸亚铁、硫酸铜、硫酸锌等复配，提供N、P、K大量元素及中微量元素，可缓解目前土壤中中微量元素缺乏的弊端，平衡土壤营养元素，提高作物产量，产品的强度高和球形度好，便于贮存和运输。