本发明涉及一种抗菌阻燃剂及其制备方法和应用，所述抗菌阻燃剂的制备方法包括：先选择层状无机磷酸盐，并采用金属盐与层状无机磷酸盐进行质子交换反应，得到改性磷酸盐，同时将二元胺与三(2,3‑二溴丙基)异氰脲酸酯进行亲核取代反应，得到二元胺改性的三(2,3‑二溴丙基)异氰脲酸酯，然后通过溶液插层法将改性磷酸盐和二元胺改性的三(2,3‑二溴丙基)异氰脲酸酯结合，焙烧后得到抗菌阻燃剂。本发明还涉及一种尼龙12复合材料及其制备方法，所述尼龙12复合材料采用所述的抗菌阻燃剂作为添加剂。本发明的抗菌阻燃剂具有本征抗菌特性和阻燃特性，用其作为添加剂制备复合材料时，其能够通过共聚改性的方式使复合材料具有本征抗菌特性与阻燃特性。