本发明公开了一种耐镉产铁载体变形赖氨酸芽孢杆菌的筛选、菌剂制备及其应用，涉及微生物领域，包括具体配方如下：各组分的重量百分比为：腐熟农业副产物10wt％～18wt％，钙镁磷肥10％～20wt％，生物炭5％～15wt％，米糠5wt％～15wt％，微生物发酵液2.0％～3.0％；该耐镉产铁载体变形赖氨酸芽孢杆菌的筛选、菌剂制备及其应用，通过变形赖氨酸芽孢杆菌WY‑C9发酵液，一方面该微生物可依靠细胞壁上的羟基(‑OH)、羰基(‑CO‑)、酰胺基(‑CO‑NH‑)、磷酸基(‑PO43‑)等基团进行表面吸附，并通过其代谢产物进行胞外络合、胞外沉淀等络合和固定土壤中的重金属镉。