本发明公开了一种联合尺寸排阻色谱法和免疫磁珠法分离外泌体亚群的新方法，首先从培养基或生物体液样品中分离纯化获得总外泌体悬液，然后分别依次采用尺寸排阻色谱法和免疫磁珠法分离获得不同外泌体亚群，具体操作是将总外泌体悬液与抗外泌体标志物抗体‑磁珠混合，孵育后转移至色谱柱，并将色谱柱放置在具有强磁场的磁力架上，通过磁场强弱改变抗外泌体标志物抗体‑磁珠‑外泌体复合物在尺寸排阻色谱柱中运动速率，洗脱得到含有复合物的混合液，然后再将其置于免疫磁珠法的磁力架上，清洗得到剩余的复合物；最后，加入能将捕获的外泌体从磁珠上洗脱下来的洗脱剂，从而获得完整的、纯度高、表达量高、特异性强的外泌体亚群。