本发明涉及作物分子遗传育种领域，具体涉及抗稻瘟病Pik位点等位基因鉴别分子标记引物组及其应用，本发明通过发掘Pik位点等位基因编码区核苷酸的多态性，设计特异的分子标记，以抗病单基因系为阳性对照，最终高效地从109个水稻亲本材料中鉴定出了Pik‑1、Pikm‑1、Pi1‑5C、Pikh‑1和Pikp‑1这五个等位基因。本发明准确地明确了109个育种材料中Pik位点的基因型，使Pik基因位点更加精准地应用于水稻抗性育种。对绵恢365中的Pi1基因测序，验证了分子标记的有效性及准确性。本发明为Pik位点在水稻抗稻瘟病育种中的应用提供了明确的亲本资源和可靠的分子标记。