本发明涉及两亲性分子层的制备方法及装置，方法包括提供用于制备两亲性分子层的制备装置，制备装置内设有至少一个微孔，以及能够使得溶液流经微孔的第一通道和第二通道，且微孔的第一、二端分别与第一、二通道连通，其中，第一通道的横截面呈方形或类方形设置；S2向第二通道内加入第一极性溶液，使得第一极性溶液进入至少一个微孔内；S3依次向第一通道内加入膜溶液和第二极性溶液，使得膜溶液在第一通道内形成弯月面；S4基于预设速度向第一通道内加入第二极性溶液，使得第二极性溶液推动膜溶液移动并流经微孔，膜溶液在微孔处形成两亲性分子层；其中，第一通道材料表面接触角为大约65°‑大约120°。该方法操作简单，且可重复性较好。