本发明提供一种食盐碘含量检测系统，包括用于对检测样本进行处理的处理模块、用于添加检测用试剂的添加模块、用于运送检测样本的运送模块；还包括用于计算检测结果的计算模块和用于控制处理模块、添加模块以及运送在食盐碘含量检测过程中执行对应操作的控制模块；处理模块包括用于对检测样本进行预处理的预处理单元和用于对已添加检测用试剂的检测样本进行再处理的再处理单元；添加模块包括用于切换检测用试剂的种类的切换单元；用于接收检测样本的接收单元和用于将检测样本运送至在食盐碘含量检测过程中不同操作所对应的位置的运送单元。该系统通过自动化操作和灵活的控制方式，扩大了食盐检测自动化的应用范围，提高了检测的效率和准确性。