本发明提供一种发电机空冷器故障预警方法、系统及存储介质，该方法包括如下步骤：通过目标发电机组的机组监控系统采集所述目标发电机组中多个空冷器的机组监控数据；将所述外部形参数据预处理为形参赋值数据；对所述机组测点数据进行数据清洗和数据补齐处理；基于预设的温度算法参数，并结合所述状态时序数据计算处理所有所述机组测点数据，得到多个所述空冷器的温度特征值；结合所述形参赋值数据和所述温度特征值生成温度特征指标；结合预设的预警阈值和所述温度特征指标生成对应所述空冷器的故障预警信息。本发明具有水电机组空冷器故障征兆自动预警的效果。