本发明公开了一种双模式高频腔的双频率独立调谐方法，包括一下步骤，通过电磁场仿真计算和测试软件，对双模式高频腔体内部的电磁场分布进行模拟，根据模拟的电磁场分布，寻找用于安装两个活塞型调谐器的位置，通过分别对两个活塞型调谐器深入腔中的深度进行调节。本发明根据电磁场仿真计算和测试软件对双模式高频腔体内部的电磁场分布进行模拟，在基波的强磁场、弱电场而三次谐波电磁场分布均匀区域固定安装其中一个活塞型调谐器，在三次谐波的强磁场、弱电场而基波波电磁场分布均匀的区域固定安装另一个活塞型调谐器，利用活塞型调谐器底端在竖直方向深入的位置进行调节，进而对双模式高频腔体的双频率进行独立调谐。