本发明公开了一种生物安全柜电动门控制系统及其方法，其中控制系统包括显示板、语音模块、红外传感器、主控板、电动门电机、电磁锁和磁敏开关，所述语音模块用于接收和反馈操作人员的指令，实现人机交互；所述红外传感器用于监测操作人员的站立位置；所述电动门电机根据控制逻辑为玻璃门的升降提供动力；所述磁敏开关用于检测玻璃门的位置；所述电磁锁固定设置在生物安全柜的内侧，用于锁住玻璃门。所述控制方法通过将语音识别模块与生物安全柜结合，操作人员在获得语音权限后，通过语言指令实现控制玻璃门的开关，解放了用户的双手，方便操作，提高了工作效率；同时通过电磁锁和磁敏开关能够保障操作人员的安全以及确保生物安全柜内样本的安全。