一种基于五项MSD窗全相位FFT的间谐波电流检测方法，属于新能源并网系统检测技术领域。本发明的目的是利用一种间谐波电流检测方法，解决现有技术中间谐波参数检测时存在较大误差问题的基于五项MSD窗全相位FFT的间谐波电流检测方法。本发明首先对三相电流信号进行采集，离散化后利用五项MSD窗全相位FFT频谱进行分析，并结合FFT频谱单谱线插值，由理论频率点附近的最大旁谱线与主谱线的比值对频率偏移量进行修正，利用频率修正量和五项MSD窗全相位FFT的幅值谱求出间谐波幅值的修正公式。本发明结合全相位FFT的线性时不变性以及五项MSD窗的归一化模函数估计出信号的幅值和相位，估计的间谐波参数更准确，综合误差更小。