本发明公开了一种适用于跟网与构网型变流器的阻抗估计方法及系统，包括：基于变流器输出电压幅值的波动情况监测并网阻抗是否发生变化；当检测到并网阻抗发生变化时，延时设定时间后，采样获取当前时刻变流器输出的电压、电流有效值，有功功率和无功功率，以及设定时间段的电压瞬时值信号；调整变流器的无功功率参考值；延迟设定时间后，再次采样；基于两次采样结果计算得到变流器的并网电阻与电抗。本发明所提出的方法与系统不需要变流器输出的有功与无功严格解耦控制，因此同时适用于跟网与构网型变流器以及多种阻抗比的电力系统。