本发明公开了一种信号发生器输出信号的调制方式识别方法及系统，属于数字信息的传输技术领域，方法包括：接收信号发生器输出的待识别信号；提取待识别信号的多种信号特征；计算待识别信号的复杂度；当待识别信号的复杂度大于或者等于预设复杂度时，将瞬时振幅信号、瞬时频率信号以及瞬时相位信号作为图神经网络中的三个神经节点，通过基于图神经网络的时空特征提取模型，提取待识别信号的时空特征，并将振幅特征、频率特征、相位特征、累积量特征以及时空特征进行特征融合；将由待识别信号的融合特征向量组成的融合特征序列输入至长短时记忆神经网络中，通过基于长短记忆神经网络的调制方式识别模型，识别出待识别信号的调制方式。