本申请属于文件传输技术领域，尤其涉及一种传输测序数据的方法、装置、终端设备、存储介质和测序系统。方法包括：利用测序系统进行测序运行实现多轮反应以产生测序数据的过程中，在确定已到达测序节点并且测序运行尚未结束，且测序系统和指定的一个或多个服务器处于已连接状态的情况下，启动对至少一部分测序数据至服务器的传输并且启动对该传输过程的监听；在确定测序数据的传输已结束的情况下，结束对相应的传输过程的监听并且任选地断开测序系统和服务器的连接。通过将各个测序节点产生的测序数据传输到服务器，能够高效、及时的完成测序数据的传输。