本发明的一种评估代谢酶3βHSD1活性的方法及系统，包括以下步骤：S1，收集受试者基因表达的样本数据；S2，选择若干受试者基因表达，计算其基因的子节点的基尼值，S3，选定每一个基因的子节点中数值最小的Gini(D)作为该转录组指纹中的基因表达量的最优分割点；S4，选用步骤S3中的若干个最优分割点建立一个决策树模型；S5，重复步骤S2‑S5，建立多个决策树模型，构成随机森林模型，S6，得到代谢酶3βHSD1活性的分数，作为转录组指纹的分数。本发明的一种评估代谢酶3βHSD1活性的方法及系统，建立了转录组指纹来表征前列腺组织3βHSD1代谢活性，可以提供给医生作为高效的前列腺癌风险早期诊断的生物标志物。