本发明公开了一种分解平抑风电功率波动混合储能系统控制方法及系统，包括：在波动率的约束下利用卡尔曼滤波实现风电功率波动平抑，获取总储能平抑功率信号；采用经验模态分解获取各个固有模态分量并利用Hilbert变换求取储能功率信号主频率，确定滤波时间常数；根据所述总储能平抑功率信号和所述滤波时间常数，利用低通滤波器实现储能功率信号的二次分配。本发明提供的方法及系统具有较快的动态响应能力和收敛速度，实时性较强。经验模态分解克服了基函数无自适应性的问题，在处理非平稳及非线性数据上具有明显的优势，适合分析非线性非平稳的信号序列，具有较高的信噪比。