本发明提供一种聚羟基脂肪酸酯组合物及其制备方法和应用，所述聚羟基脂肪酸酯组合物包括PHA三元共聚物，所述PHA三元共聚物为P3HB4HB3HV和/或P3HB4HB5HV，其中重复单元3HB的摩尔含量占比在94％以上，PHA三元共聚物的重均分子量在30万以上。本发明的含特定PHA三元共聚物的聚羟基脂肪酸酯组合物，可以在少用甚至不用助剂的情形下，实现海洋可降解、结晶度高、强度较高兼具一定的韧性、负荷变形温度高且熔点低等性能，可应用于注塑、3D打印、吸塑、吸管、纤维、片材等制品。