本发明提供一种聚羟基脂肪酸酯组合物及其制备方法和应用，所述聚羟基脂肪酸酯组合物包括PHA三元共聚物，所述PHA三元共聚物为P3HB4HB3HV和/或P3HB4HB5HV；所述PHA三元共聚物中3HB的摩尔含量占比小于94％，且4HB与3HV或5HV的摩尔含量比小于0.16；所述PHA三元共聚物的重均分子量在20万‑200万之间。本发明的含特定PHA三元共聚物的聚羟基脂肪酸酯组合物，可以在少用甚至不用助剂的情形下，实现海洋可降解、透明度高、韧性好、结晶速率快且球晶小，可应用于薄质制品。