本发明属于含水层溶质运移数值模拟技术领域，提供了一种基于尺度提升的含水层溶质运移数值模拟方法及系统，通过局部细化相应的粗尺度块，并将细化后的单元分配给精细尺度渗透系数场的对应子集，从而定义每个放大区域的精细尺度单元渗透系数值，得到具有对角型张量或全张量形式的等效渗透系数参数场；同时，通过对求解结果进行对比的方式，对粗尺度网格下的含水层溶质运移模型进行校正；利用校正后的粗尺度网格下的含水层溶质运移模型，进行含水层溶质运移模拟预测；能够建立和应用具有对角型张量或全张量形式的等效渗透系数参数场，用于刻画复杂的非均质、各向异性含水层，模拟溶质运移时，所需的时间短、运算效率更高，同时能够提高计算精度。