本发明属于微生物技术领域，公开了一种可以增强菌株环境耐受性且适于在口腔中释放的益生菌微胶囊制备方法和应用，包括如下步骤：(1)益生菌培养后离心收集菌体，制备菌悬液；(2)复合酶水解制备多孔淀粉壁材；(3)将多孔淀粉壁材与菌悬液混合，搅拌后离心分离制备湿微胶囊；(4)将湿微胶囊真空冷冻干燥得到耐受性强且适于在口腔中释放的益生菌微胶囊。本发明微囊冷冻干燥后活菌数高，对环境温度的耐受性强，适用于口腔生理环境和功能，即无需外界干预，微胶囊可在唾液淀粉酶水解作用下，充分释放被包埋的益生菌于口腔环境中，淀粉和口腔黏膜之间的粘附作用使得微胶囊不易被快速吞咽，可较长时间停留在口腔黏膜上，促进益生菌的定植。