本发明实施例提供一种多燃料多阶段变结构发动机，包括：增压器压气机、冷却器、进气总管、柴油进气支管、柴油排气支管、排气总管、增压器涡轮机、柴油气缸、柴油缸凸轮、进气阀、排气阀、柴油缸活塞顶、喷油器、燃气气缸、燃气缸凸轮、燃气喷射阀、节气门、燃气点火装置、燃气缸活塞顶、燃气进气支管、燃气排气支管及ECU控制单元。空气进入进气总管，分别经柴油进气支管和燃气进气支管、节气门进入柴油气缸和燃气气缸，完成燃烧后进入排气总管，经增压器涡轮机排出发动机。本发明技术方案，能够提高发动机的起动性能、加速加载性能、优化柴油燃烧、降低燃气燃烧爆震与失火风险、减少燃气逃逸。