本发明属于磁共振测深信号噪声滤除领域，具体是一种基于二次频率耦合算法的磁共振测深信号提取方法，将采集的MRS通过功率谱分析确定拉莫尔频率，加入确定的余弦项与MRS信号构成二次频率耦合条件，对该信号采用三阶累积量对角切片计算识别耦合条件，进而抑制信号中的噪声，通过对结果中两个指数衰减信号的分析，利用最小二乘算法，实现对MRS信号4个关键参数的估计，最后通过数学模型实现对MRS信号的恢复。该方法可以实现MRS信号中关键参数的高精度估计，进而实现对信号的时域恢复。