本发明公开了一种基于雅可比矩阵计算的复杂区域主配网互动无功控制方法有及系统，包括：建立对加入无功补偿装置后系统的有功及无功潮流模型；进行基于雅可比矩阵的参数修正；计算得到修正后的雅可比矩阵；通过得到修正后的雅可比矩阵，计算配电网电压稳定性影响因子。当在主配网中电压不平衡情况下，通过所建立的潮流模型，根据个节点电压情况，计算配电网电压稳定性影响因子，确定当前主配网之间的关系，确定系统需采取的控制方式，从而保证系统的电压稳定性。