本发明公开了一种生物基吲哚衍生物席夫碱抗菌剂、其制备方法和应用。所述抗菌剂的结构如式(I)所示：#imgabs0#其中n、m为0‑5之间的整数，R为氢、卤族元素等。本发明的所述抗菌剂不仅具有优异抗菌效果，而且还具有良好耐高温性能，同时其制备工艺可控性好、产率高。本发明所述的抗菌剂能够与聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)等基体树脂混合制得具有优异抗菌性能的塑料制品，其抗菌范围广，安全可靠，无异味，对人体和环境的危害及污染程度低，具有广阔应用前景。