本发明提供一种叶黄素酯和玉米黄质复配微胶囊及其制备方法和应用，所述叶黄素酯和玉米黄质复配微胶囊包括质量比为10:1‑5:1的叶黄素酯和玉米黄质，还包括壁材、填充剂、复配乳化剂、油溶性抗氧化剂、植物油和纯净水，所述复配乳化剂为质量比为(4.2‑5)：(1.5‑2)：(2.6‑3.5)的甘油单硬脂酸酯、山梨醇酐单硬脂酸和蔗糖脂肪酸酯。本发明的叶黄素酯和玉米黄质复配微胶囊具有保护眼睛、预防眼部疾病、缓解眼部疲劳、提高视力的功效，也可进一步加工成功能食品，能够满足人们对眼部健康的需求。