本发明公开一种双驾驶室客船航行系统，包括雾笛子系统、雷达子系统和航行灯子系统，雾笛子系统包括汽笛、电笛、分别设置于主驾驶室、备用驾驶室的雾笛控制器，航行灯子系统包括航行灯、分别设置于主驾驶室、备用驾驶室的航行灯控制器和航行灯板，航行灯采用上下双层灯的冗余布置，主驾驶室、备用驾驶室的航行灯控制器分别控制上、下层灯；主驾驶室的雾笛控制器与主驾驶室的航行灯控制器连接，备用驾驶室的雾笛控制器与备用驾驶室的航行灯控制器连接，使雾笛控制器可控制莫氏信号灯。本发明的系统能够以较低的成本实现包含设备故障、火灾事故工况下各子系统的冗余要求，满足正常的航行安全需求和安全返港要求。