本发明提供了一种大型矿石表面微生物野外定量采样方法及其系统，涉及微生物技术领域，通过确定目标采样区域，将野外大型矿石表面作为微生物采样点；采用采样部件对所述目标采样区域进行微生物采样，得到至少一个采样后的所述采样部件；将所有采样部件置于洗脱装置中，并采用洗脱装置对多个采样部件进行涡流离心洗脱，得到目标采样区域的微生物样本；采用富集装置对微生物样本进行富集处理，得到富集的微生物。本发明提供的采样方法操作简单、高效，对于表面坑洼、不平整的多表面大型矿石表面均可灵活取样；设置涡流清洗装置，充分洗脱采样部件上的微生物，最大限度保证微生物完整性，降低由于微生物取样不完整，造成的微生物分析误差。