本发明提供一种高水位复杂地层钻孔方法，该方法先在无自稳易塌孔地层通过钻机采用空心钻跟钢管钻进至花岗岩孤石顶面；再在钢管中安装连接好的实心钻与钻杆通过水钻或风钻继续钻进，实现钻杆与钢管同步，然后再采用水钻或风钻通过实心钻引孔，并同步分段连接钻杆、钢管穿越无自稳易塌孔地层进入自稳地层≥100cm后停止跟钢管；最后再利用实心钻继续连接钻杆向自稳地层钻进至设计深度终孔。以解决易塌孔复杂地层传统泥浆护壁成孔施工方法在钻孔中存在的泥浆成本高、作业环境差等系列问题。属于市政工程领域。