本发明公开了一种涉水企业特征污染物排放情况核算方法和装置，所述方法包括：在目标区域内布置多个监测点，并采集各所述监测点的特征污染物排放数据；根据所述特征污染物排放数据从预先构建的所述目标流域内涉水企业的数据库中筛选出所有排污水企业；分别对所有排污水企业的排水量和水质进行统计，利用预先制定的管控等级和与管控等级对应的排放量核算方法，分别核算各所述排污水企业的污染物排放量。实现了涉水企业硫酸盐和氟化物等特征污染物的快速溯源和准确核算，为管控措施的制定提供数据支持。