本发明涉及克氏原螯虾养殖技术领域，公开了一种温室空间多层育苗装置及其在克氏原螯虾养殖的应用，包括育苗池、水循环系统、温室大棚和集虾坑，育苗池设置在温室大棚内部，集虾坑设置在育苗池的一侧，集虾坑与育苗池之间连通；育苗池内部设置有育苗支架，育苗支架内部间隔一定距离依次设置有若干个育苗箱。本发明中整个温室空间多层育苗装置内部以及各个育苗箱内部的具有一个水流循环，并通过水处理机构能够不断将该水流循环的水进行处理，从而能够充分保证各个育苗箱内部的水质符合虾苗养殖的需求，进而能够保证虾苗养殖的效果，有效避免虾苗因水污染而导致的死亡率增加，提高虾苗的成活率和产出经济性。