本发明公开了一种表达H9N2亚型禽流感病毒抗原蛋白的重组乳酸菌组合物及其应用，属于生物药品制造技术领域。本发明的重组乳酸菌组合物包括：表达H9N2亚型禽流感病毒HA蛋白的重组乳酸菌H9‑HA和表达H9N2亚型禽流感病毒NP蛋白、M1蛋白的重组乳酸菌H9‑NP‑M1；所述重组乳酸菌组合物中，重组乳酸菌H9‑HA和重组乳酸菌H9‑NP‑M1的活菌数均大于或等于1010CFU/g。本发明的重组乳酸菌组合物，能够有效缓解机体免疫抑制，提高了传统灭活疫苗的作用效果，降低了感染H9N2亚型禽流感病毒后机体内的病毒载量，在禽流感防治方面具有较好的应用前景。