本发明涉及生态环境治理技术领域，提出了一种用于精确判断生态疏浚深度的方法，包括以下步骤：在目标水域设置采样点，进行水样和底泥勘察；将上述步骤中采集勘察的样品进行沉积学法分层，根据底泥颜色、气味、粒径和粘稠度定性分析污染层、过渡层及正常层特点及厚度；将上述步骤中划分出的各污染层底泥采用内梅罗污染指数法分析营养盐指标，并划定污染等级。通过上述技术方案，克服现有技术存在的问题，综合考虑从“水体”、“泥水界面”和“底泥体”三个维度角度确定的污染特征因素情况、污染等级以及水体污染原因，科学地判定生态清淤的深度，利用实现清除对水体污染影响的底泥，控制底泥内源污染、改善水环境质量。