本发明公开了光伏场站性能综合评估的方法及系统。该方法包括：收集光伏场站的运行数据构成特征矩阵，进行优化处理；对优化处理后特征矩阵的数据进行聚类合并，输出聚类结果；对聚类结果进行连续性特征变量的离散化处理，根据预先定义的分段函数，结合特征权重进行累加，得到待评估的光伏场站综合评估分数；所述优化处理包括：对特征矩阵中的数据进行清洗和预处理；针对特征矩阵的不同特征引入权重，对预处理后的特征矩阵进行加权处理；通过马氏距离度量减少特征矩阵中的异常值。本发明能够更好地应对数据中存在的异常值和噪声，提高了聚类的鲁棒性和可靠性，并且融合多种方法的层次聚类可以更好地适应不同数据特点并发现隐藏的规律和模式。