本发明涉及电力系统继电保护技术领域，公开了一种两端供电低压直流配电系统及其保护方法。方法包括：当两端供电低压直流配电系统发生极间短路故障时，定电压控制换流器与恒功率控制换流器均闭锁；检测经过第一晶闸管的母线电流，若超过预设电流阈值，则利用第一、第二电容切除装置，切断第一、第二电容支路，关断第一、第二晶闸管；利用保护装置与纵联差动保护原理计算保护区域中母线正极电流与负极电流的电流值差值，与预设差值阈值比较；将电流值差值超过预设差值阈值的保护区域对应的保护装置的负荷开关断开；经预设延时后，重新导通定电压控制换流器、恒功率控制换流器，第一、第二电容切除装置，第一、第二晶闸管，完成重合闸，恢复供电。