本申请提供一种储能系统中电芯均衡的控制方法及控制系统，用于提升多个电芯的充放电电压及充放电电量的均一性。该电芯均衡的控制方法包括：记录多个电芯的充电/放电数据；筛选出需要进行均衡处理的待均衡电芯；在充电/放电完成后，对待均衡电芯进行补电或放电；待均衡电芯包括待均衡高电芯和待均衡低电芯。筛选步骤包括在放电末端确定待均衡低电芯，在下一次充电之后对待均衡低电芯执行补电控制策略；在充电末端确定待均衡高电芯，在下一次放电之后对待均衡高电芯执行放电控制策略。