本发明公开了一种玉米突变基因zmmate30及其在作物遗传育种中的应用，该zmmate30基因为玉米ZmMATE30基因CDS序列第917位碱基由C突变为T，突变后的植株相对野生型的株高、穗位高降低，所有节间缩短，穗位叶长缩短，叶片变窄；通过组织表达分析，该基因主要在根中表达量较高；此外，在进行铝胁迫处理的情况下，突变后的植株根系相对伸长率显著高于野生型，说明突变体对铝胁迫的抗性显著增加。因此，可利用该突变基因培育抗铝胁迫的矮化植株，从而获得抗逆性更强，且兼具抗倒伏能力等多种优良性状的新品种。