本发明公开了一种基于区外故障电流的主变零序CT开路远方诊断方法及系统，涉及主变零序CT开路诊断技术领域，包括系统实时采集变电站内主变保护装置、母差保护装置、故障录波器装置的信号和模拟量；根据采集保护装置信息，判断是否发生区外故障，当发生区外故障则自动触发基于区外故障电流的主变零序CT开路远方诊断；根据二次智能运维管控平台零序电流采样集，利用余弦相似法，计算两个采样属性的余弦相似度，自动生成诊断结果。本发明提供的基于区外故障电流的主变零序CT开路远方诊断方区外故障发生时基于区外故障电流的主变零序CT开路远方诊断系统实现远方法自动诊断，无需运维人员到现场查看和导出保护装置报告，也无需人工干预系统。