本发明公开了一种基于DNA遗传算法优化的多元负荷控制安全防护方法及装置。其中，方法包括：将支撑一体化运营的多元负荷控制元素形式化表示为有多条路径的图，并初始化图的多条随机路径；保留多条随机路径中从起始节点到结束节点的多条有效随机路径，采用酶操作对多条有效随机路径进行扩充，生成DNA链；将DNA链按照DNA编码分子长度进行分离，生成多个DNA序列，将DNA序列按照各自的长短排列在不同的区域；计算DNA序列在各自的区域的适应度，并判断是否得到DNA序列的最优解；在得到最优解的情况下，利用最优解优化多元负荷控制安全防护的配置。