本申请提供一种串联型有源滤波装置及其控制保护方法。所述串联型有源滤波装置包括：储能元件、换流阀、无源滤波器和控制保护系统，其中：所述换流阀的直流侧连接所述储能元件，所述换流阀的交流侧连接所述无源滤波器的输入端，所述无源滤波器的输出端接入交流线路；所述无源滤波器用于滤除所述换流阀的高频谐波；所述控制保护系统用于接收电流、电压和所述储能元件的电荷量，并输出换流阀触发脉冲控制所述换流阀产生交流谐波电压，对电网进行谐波治理。通过对有源滤波装置的适当控制，补偿电网侧或负荷侧的谐波电压，或者抑制电力系统的谐波与振荡。