本发明公开氟、硒共掺杂羟基磷灰石种植体涂层及其制备方法和应用，该涂层的化学式为Ca10(PO4)6‑y(SeO3)y(OH)2‑xFx；其制备方法为：步骤A、悬浮液A的制备；步骤B、悬浮液B的制备：将氟掺杂羟基磷灰石粉体和分散剂B加入到乙醇溶液B中混合均匀；将得到的混合液B进行球磨，球磨结束后过筛，得到悬浮液B；步骤C、基体的处理：将医用金属或医用合金材料作为基体进行预处理；步骤D、利用液相等离子喷涂法，采用同步双送液模式将悬浮液A和悬浮液B同步喷涂到基体上；该涂层用于对骨缺损处进行修复、对骨肉瘤患者的骨缺损处进行修复同时抑制骨肉瘤的复发、预防骨重建过程中发生感染。